吉林农业科技学院档案馆成立于2019年，副处级建制，具有档案管理和资源服务双重职能。档案馆依法对学校发展历史过程中形成的具有保存价值的文件材料、记录等实施管理职能，并向校内各单位、师生员工及社会公众提供馆藏档案资源的查询和利用服务。
档案馆位于学校图书馆楼二楼，建筑面积345平方米，其中库房面积近245平方米，全部馆藏资源采用标准密集架存放。库房安装全方位监控系统、烟感防火及红外线防盗装置。
档案馆下设综合科和人事档案管理部。现有在编人员4人，其中研究生学历3人，高级职称2人。
馆藏档案资源最早形成于1949年，采用实体分类法，一个全宗，14个门类。包括党政管理类、教学类、科研类、基建类、外事类、财会类、仪器设备类、产品生产与科技开发类、出版类、人物类、声像类、实物类、学生档案及人事档案等。截至2023年底，共计6.25万卷+3.5万件，年增加量2000余件+5200余卷；年减少量3800余卷。馆藏档案资源年平均提供利用500余卷，接待200余人次。
2021年7月，被吉林市档案局评为"十三五"期间档案工作先进集体。
近年来，档案馆为适应时代发展要求，大力推进数字化档案建设，努力把吉林农业科技学院档案馆建设成为功能齐全的综合性档案馆。
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